В 1861 году была основана Забайкальская духовная миссия, а в 1880 году Миссионерское училище переехало в Читу. Курс обучения в училище был равен курсу одноклассной церковно-приходской школы, с дополнительным изучением миссионерских предметов. В 1903-1904 годах были образованы 4 класса с годичным курсом обучения в каждом. В 1907 году в училище обучалось 67 человек, но прием учеников был ограничен из-за нехватки помещений. Училище располагалось в небольших деревянных зданиях, в нижней части этажа архиерейского дома на улице Зейской. В начале 1907 года священник Забайкальской духовной миссии Е. А. Кузнецов подал ходатайство о строительстве нового здания для училища.
16 мая 1907 года на углу улиц Зейской (Чайковского) и Софийской (Бутина) рядом с ныне снесенным Архиерейским домом была совершена закладка здания Центрального Миссионерского училища с домовой Спасо-Преображенской церковью. Архитектором здания был Ф.Е. Пономарев, который в 1903 году построил другие здания архиерейского двора. В новом здании училища разместился пансион и школа, а также две квартиры для заведующего и учителя (всего на тот момент штат училища насчитывал 7 преподавателей). Первый этаж здания был каменным, а второй - деревянным.
На втором этаже здания была устроена домовая церковь, настоятелем которой стал о. Епифаний Кузнецов, который в том же году был возведен в сан протоирея. В 1912 году в помещении церкви была выполнена роспись и написаны иконы. Для этой цели был приглашен иркутский художник Щербаков. В апреле того же года Святейший Синод выделил Миссионерскому училищу иконостас. 4 июля 1912 года на колокольню был поднят полный звон колоколов в «минорном» тоне. Все колокола были отлиты на заводе Самгина.
В советский период здание училища использовалось под поликлинику центрального района города Читы. В 1995 году оно было передано Читинской и Забайкальской Епархии.