Значительная часть таких степей включена в состав заказника «Агинская степь». Этот заказник площадью 45 762 га был образован в 2004 году и располагается на территории Агинского района в междуречье рек Онон и Ага. Целью создания заказника являлось сохранение и восстановление естественных степных и водных экосистем Агинской степи. Основную часть заказника составляют слегка всхолмлённые равнины, занятые различными степными сообществами. Наиболее часто здесь встречаются разнотравно-ковыльные, разнотравно-вострецовые и нителистниковые степи.
Среди различных типов степных сообществ на территории заказника наибольший интерес представляют нителистниковые степи. Доминантом в таких степях выступает нителистник сибирский (Filifolium sibiricum) – растение семейства астровых. Этот тип сообществ характерен исключительно для Даурского экорегиона и считается реликтовым, связанным в прошлом с исчезнувшими ныне неморальными сообществами. Среди других растений в нителистниковых степях встречаются типично степные виды: прострел Турчанинова, горец узколистный, лилия карликовая, лапчатки белолистная и рябинолистная, сапожниковия растопыренная, качим даурский и др. Флора заказника богата степными видами центральноазиатского происхождения, насчитывает не менее 665 видов.
В межгорных понижениях многочисленны небольшие бессточные солоноватые и солёные (сульфатные, хлоридные и карбонатные) озёра. В засушливые годы многие из них мелеют или высыхают, превращаясь в солончаки. Такие солончаки издалека заметны в степи в виде больших белоснежных пятен или колец.
Во влажные периоды в пределах заказника можно насчитать до 40–45 озёр, однако в сухие периоды их количество уменьшается до 10–15. Сильно мелеют даже самые крупные озёра в заказнике – Ножий и Кункур. При этом такое крупное озеро как Ножий, достигающее площади более 16 км2, во время засухи распадается на несколько мелких озёр с горько-солёной водой. В окрестностях озёр распространены солончаковые луга, образованные преимущественно ячменём короткоостистым и бескильницей тонкоцветной. По берегам озёр обычны заросли растений семейства маревых: солянок и сведы.
Степи и солончаки сохранили такие редкие виды растений как солодка уральская, пузырница физалисовая, селитрянка сибирская. Всего в заказнике отмечено 17 видов растений, занесённых в Красную книгу Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа.
На территории заказника отмечены эндемичные виды растений – остролодочник Стукова и остролодочник Варлакова. Массовое цветение остролодочников оживляет кажущиеся бесплодными солонцеватые степи и луга. Плотные пурпурные и желтоватые кисти остролодочников контрастируют с собранными в густые щитки белыми соцветиями ещё одного солелюбивого вида – аргузии розмаринолистной. Это красивое растение часто покрывает своими плотными зеленовато-белыми подушками галечные берега степных озёр.
Наличие большого количества озёр привлекает разнообразных околоводных птиц, особенно в период осенне-весенних миграций. Водная растительность, а также обитающие на озёрных мелководьях личинки комаров, мух-береговушек и другие водные беспозвоночные – прекрасный корм для многих птиц. Здесь, на степных озёрах, можно встретить чирков (свистунков и трескунков), крякву, серую утку, красноголового нырка, лебедя-кликуна и даже такой редкий вид как гусь-сухонос. В периоды миграций на озёрах кормятся серые гуси, гуменники, а также многочисленные кулики (песочники, веретенники, бурокрылые ржанки, фифи, ходулочники). Вблизи озёр собираются и журавли – красавки, даурские, чёрные, серые и даже белые (стерхи). Здесь ежегодно живут до 3000 красавок и несколько десятков чёрных журавлей. Многие виды птиц находят на территории заказника прекрасные места для отдыха и кормёжки во время сезонных перелётов.
Обилие птиц на озёрах Агинской степи связано с тем, что территория заказника располагается на одном из самых массовых – Восточноазиатско-Австралийском пролётном пути птичьих миграций (Горошко, 2006). В заказнике отмечено не менее 250 видов птиц.
Особенно большую роль заказник играет в сохранении такого редкого, находящегося на грани исчезновения вида как дрофа. Считается, что в заказнике ежегодно гнездятся до 30–50 дроф, что составляет около 10% всех птиц этого вида, обитающих в нашем крае.
В заказнике многочисленны грызуны – длиннохвостый суслик, тушканчик-прыгун, большая и узкочерепная полёвки, забайкальский хомячок, даурский цокор. В прошлом были широко распространены и монгольские сурки (тарбаганы), однако в последние десятилетия их численность невелика и этот вид взят под охрану. Из зайцеобразных встречаются заяц-толай и даурская пищуха. В числе других видов млекопитающих в Агинской степи представлены волк, лисица, корсак, манул, степной хорь, солонгой, барсук, даурский ёж. Местами, особенно ближе к сосновому бору Цырик-Нарасун, встречается сибирская косуля. Всего в заказнике отмечено около 35 видов млекопитающих.
Степные озёра, такие как Горбунка, являющееся региональным памятником природы, имеют рекреационное и бальнеологическое значение. Берега и дно озера покрыты толстым слоем чёрного ила. Озёрная грязь и его сульфатно-магниевые воды традиционно используются местными жителями для лечения различных болезней.
На территории заказника располагаются и другие памятники природы. Среди них Цырик-Нарасун – ленточный сосновый бор в долине реки Онон, урочище Малый Батор, скала Камень-Котёл (Тогон-Шулуун), сообщество полупустынных растений у озера Ножий. Здесь же отмечено большое количество палеонтологических (Ножий) и археологических (неолитические стоянки, культура плиточных могил, бурхотуйская культура) памятников.
В заказнике, например, на озере Ножий, создаются условия для развития туризма. Для охраны экосистем этой ООПТ создана администрация, которая располагается в посёлке Агинское.